これらの症状は周囲から気づかれにくく、本人も「昔はできていたのに、なぜかできない」というもどかしさを抱えやすい点が特徴です。

高次脳機能障害は、障害認定基準第8節「精神の障害」のうち「症状性を含む器質性精神障害」として認定されます。あわせて、精神障害・知的障害の等級判定における地域差を解消するため、厚生労働省が平成28年9月1日から運用している「精神の障害に係る等級判定ガイドライン」も適用されます（出典：日本年金機構「『国民年金・厚生年金保険 精神の障害に係る等級判定ガイドライン』等」）。

このガイドラインでは、診断書の「日常生活能力の判定」（7項目の平均値）と「日常生活能力の程度」を組み合わせた「障害等級の目安」が示されており、症状性を含む器質性精神障害についても、関連する考慮要素を踏まえて総合的に評価する運用がとられています。

高次脳機能障害の申請では、原則として「精神の障害用」の診断書を使用します。ただし、手足の麻痺を伴う場合は「肢体の障害用」、失語症を伴う場合は「音声又は言語機能の障害用」の診断書も必要になることがあり、症状が複数の領域にまたがる場合は、それぞれの診断書を組み合わせて申請する「併合認定」が行われます。

脳梗塞・脳出血などの脳血管疾患が原因で高次脳機能障害が生じた場合、通常は初診日から1年6か月経過した日が障害認定日となりますが、初診日から6か月経過した日以降に医学的に「これ以上の機能回復が見込めない（症状固定）」と判断された場合、その症状固定日が障害認定日として扱われる特例があります。この特例に該当すれば、1年6か月を待たずに申請できる可能性があります。